Les barres d'outils, qu'elles soient principales ou contextuelles, sont toutes personnalisables. Chacun des boutons de commande peut être ajouté ou retiré de sa barre d'outils d'origine. Chacune des barres d'outils d'origine peut être désactivée si vous en éprouvez le besoin. Vous disposez de 3 barres d'outils vierges sur lesquelles vous pouvez disposer n'importe lesquels des nombreux boutons de commande disponibles, et composer vos propres barres d'outils. Vous pouvez afficher vos barres d'outils en haut, à droite, ou à gauche de la fenêtre de document. Elles peuvent être toujours visibles, masquées, ou n'apparaître que sous le pointeur de la souris comme la barre des tâches de Windows.
La barre des documents d'Atlantis peut être masquée ou rester visible. Elle peut être affichée à gauche, à droite, en haut, ou en bas de la fenêtre de document. Elle peut même être intégrée aux barres d'outils.
Le pupitre de commande d'Atlantis peut être masqué ou rester visible. Il peut s'afficher à gauche ou à droite de la fenêtre de document. Chacun des volets de ce même pupitre de commande peut également être masqué ou rester visible individuellement.
Vous pouvez activer ou désactiver l'affichage des règles autour de la fenêtre de document en mode Mise en page complète.
La barre d'état d'Atlantis peut également être affichée ou masquée.
L'affichage des différents éléments de l'interface, l'édition de documents, le chargement et l'enregistrement de documents, les couleurs de l'interface, et enfin la vérification de l'orthographe, tout est personnalisable.
La Palette de formats d'Atlantis est aussi totalement personnalisable. Vous pouvez ajouter, modifier, retirer des commandes de mise en forme à votre convenance.
Les Modules Sonores sont tout aussi personnalisables.
Vous pouvez définir librement vos propres raccourcis clavier.
Aux utilisateurs avertis, la ligne de commande d'Atlantis offre de nombreuses options de lancement.
Enfin, vous pouvez choisir entre installer une copie standard non portable d'Atlantis ou bien une copie portable plus indépendante des contraintes du système Windows. Si vous installez une copie portable d'Atlantis sur une clé USB, vous pourrez lancer et utiliser cette copie portable depuis n'importe quel ordinateur extérieur. Vous retrouverez ainsi votre environnement de travail habituel. Atlantis vous accompagnera partout dans votre travail.